O Centro é filiado à Federação Espírita do Estado da Bahia – FEEB, órgão centralizador de todas as instituições espíritas regionais; sendo esta, também, filiada à Federação Espírita Brasileira – FEB, com sede em Brasília-DF. Na sua estrutura organizacional, possui: uma Diretoria Executiva que compõe-se de Presidente, Vice-Presidente, Primeiro e Segundo Secretários, Primeiro e Segundo Tesoureiros; eleitos pela Assembléia Geral, com duração bienal prorrogável por igual período. Seis Assessorias: Jurídica, Planejamento, Assuntos Federativos, Comunicação, Saúde e Segurança e Tecnologia da Informação. Cinco Departamentos: Administrativo, Mediúnico, Assistencial São Francisco de Assis – DEPAS, Infância e Juventude – DIJ e Estudos – DEPES. Um Conselho Fiscal, composto de três membros efetivos e três suplentes, eleitos, bienalmente, pela Assembléia Geral. Tem por encargo acompanhar e fiscalizar a gestão financeira da Diretoria Executiva. Uma Assembléia Geral, órgão soberano, composta por cada um dos sócios efetivos no pleno gozo dos seus direitos estatutários. A mesa da Assembléia Geral é constituída de Presidente, Primeiro e Segundo Secretários, escolhidos entre os seus membros. A Assembléia Geral se reúne, ordinariamente, ou, extraordinariamente, quando convocada por sua Mesa Diretora.
O Centro se constitui de ilimitado número de sócios juridicamente capazes, sem distinção de sexo, nacionalidade ou raça, e que se disponham a unir esforços no sentido da consecução dos seus objetivos.
Os sócios são classificados em Efetivos e Contribuintes. São Sócios Efetivos os que forem admitidos nesta categoria, por se identificarem com as características e objetos do Centro e participarem direta e regularmente de suas atividades, estando em dia com sua mensalidade. Os Sócios Contribuintes são pessoas físicas ou jurídicas com o encargo de contribuir periódica ou permanente, com a quantia em dinheiro para a manutenção dos serviços e encargos do Centro.
O Patrimônio do Centro é representado pelos seus ativos disponíveis, realizáveis e imobilizados. Constituem receitas do centro as contribuições dos sócios, as subvenções e doações em dinheiro ou objetos que representam ou possam ser convertidos em recursos financeiros, assim como, quaisquer outras rendas que possam ser obtidas.
Toda receita do Centro é aplicada, exclusivamente, na realização de seus fins ou na conservação ou aumento do seu patrimônio; sendo vetada, a obtenção de receita por meios e/ou processos que não se coadunem com os princípios da Doutrina Espírita.
O Centro funciona diuturnamente, com exceção de: 1o de janeiro – Confraternização Universal (ano novo); Período de Carnaval; 23 e 24 de junho – (Festejos juninos); 24 e 25 de dezembro – (Festejos Natalinos); e 31 de dezembro, sendo fechado para o público. Embora tais festejos não se adequem a consciência espírita, mas, respeita-se as leis sociais que as praticam.